會員代表大會為本會以會員代表大會為最高權力機構，會員代表57名由會員選舉之，其代表產生辦法另定之。會員代表任期為四年，連選得連任。在大會閉會期間，由理事會依法行使職權。
會員代表大會為本會以會員代表大會為最高權力機構，會員代表57名由會員選舉之，其代表產生辦法另定之。會員代表任期為四年，連選得連任。在大會閉會期間，由理事會依法行使職權。
本會設理事二十七人，候補理事九人，監事九人，候補監事三人，由全國會員代表大會代表選舉之。理、監事因故出缺時，依候補理、監事選舉排名順序遞補之。
本會理事組織理事會，互選常務理事九人，組織常務理事會並由常務理事中互選理事長一人，處理日常會務。理事長因故出缺，所遺任期未達一年者，由常務理事中推選一人為職務代理人。
本會應置專任會務人員處理會務，其聘任、解任、退休及資遣均依本會會務工作人員管理辦法處理之。會務工作人員管理辦法，由理事會定之。
專任會務人員設秘書長一人，下置秘書、業務、行政等三處，各處設處長一人；因業務需要各處得設副處長一人。
本會設置幹事或助理幹事八至十人。
本會為配合國際運輸工人聯盟之業務，受國際運輸工人聯盟之委託得設協調員一人，重要港埠各設檢查員一人。
協調員及檢查員，其聘任除應先經理事會議核議適當之推薦人選並經 ITF 任命始得僱佣之。協調員及檢查員之職掌及相關規定，另訂『國際運輸工人聯盟權宜船運動協調員與檢查員之設置』專章。
本會秘書長承理事長之指示處理日常會務及督導各處業務。
本會各處職掌如下：
一 . 秘書處：
1.理、監事（常務理、監事）會議相關事項。
2.年度工作計劃、工作報告之彙編事項。
3.航運資料蒐集及會史編輯事項。
4.國際勞工相關組織之聯繫、交流等有關事項。
5.權宜籍船特別協約相關事項。
6.海員月刊之發行、新聞發佈及資訊管理。
7.理事長、秘書長交辦事項。
二 .業務處：
1.會員各項福利業務、勞資糾紛調解及海員俱樂部管理等有關事項。
2.會員組織、會籍管理、教育訓練及幹部訓練等有關事項。
3.會員就業就業輔導與就業調查。
4.船員相關法規業務及研討會議等有關事項。
5.兩岸工會交流及選任幹部出國訪問業務。
6.會員參加國外船員培訓、適任性評估、發證及換證業務。
三 .行政處：
1.年度預算、決算之編製與管制，會計作業及各分會之會計指導及有關收支之統計事項。
2.經費、出納、庶務、文書收發、校對、文件繕印、印信保管、用印、財產置購、處理及保管等事項。
3.本會人事與安全業務。
本會編制內會務人員，由理事長提請理事會會議議決通過後聘任並報請主管機關核備，解聘或資遣時亦同。編制外約僱人員依本會臨時人員約僱辦法辦理之。
本會理事會之職權如下：
1. 處理本會會務。
2. 對外代表本會。
3. 召集全國會員代表大會並執行其決議案。
4. 採納及採行會員之建議案。
5. 籌集經費及編定預算、決算。
6. 考核本會會務人員工作之勤惰及會務工作狀況。
前項職權於理事會閉會期間經常務理事會議決議由理事長代表執行後向理事會報告或提請追認。
本會常務理事會職權如下：
1. 執行理事會決議。
2. 處理理事會會務。
本會監事組織監事會，互選常務監事三人，互推一人為監事會召集人。處理日常會務。監事會置幹事或助理幹事一人，由理事會調派並經監事會同意任用之。其職掌承監事會召集人之指示辦理監事會日常會務。
監事會之職權如下：
1. 審核本會經費之收支。
2. 稽查各項工作進行之狀況。
3. 其他有關審查事項。
前項職權於監事會閉會期間由常務監事會代表執行後，向監事會報告或提請追認。
本會常務監事會職權如下：
1. 執行監事會決議。
2. 召開監事會。
3. 辦理監事會日常務會務。
理監事任期四年，連選得連任，連任人數不得超過三分之二，理事長之連任以一次為限；如理、監事有下列情事之一者應即解任。其缺額由候補理事、候補監事分別依次遞補，並以補足原任之任期為限：
1. 喪失會員或會員代表資格者。
2 因故辭職經理事會或監事會決議通過者。
3 被罷免或除名者。
本會得視業務之需要，可於適當之地點設置辦事處、俱樂部船員訓練中心或各種委員會、專案小組，其組織辦法另訂之。
各分會隸屬總會秉總會之指導處理會務。
會員代表大會為分會最高權力機構。會員代表35名由會員選舉之會員代表任期為四年，連選得連任。在大會閉會期間，由理事會依法行使職權。
分會設理事15人，候補理事3人，監事5人，候補監事2人，由各該分會所屬會員代表大會選舉之。
理、監事因故出缺時，依候補理、監事選舉排名順序遞補之。
前項理、監事任期為四年連選得連任，連任人數不得超過三分之二，理事長之連任以一次為限。
分會理事組織理事會互選常務理事五人，並由常務理事互選理事長一人，處理日常會務。理事長因故出缺，所遺任期未達一年者，由常務理事中推選一人為職務代理人。
分會應置專任會務人員處理會務，設主任祕書一人，下置業務、行政等二組各設組長一人。其聘任、解任、退休及資遣均依本會會務人員管理辦法處理之。
主任祕書秉承分會理事長之命，督導各組業務，並掌理會務關係業務。分會設置幹事或助理幹事三至四人。
分會各組職掌如下
一 . 業務組：
1. 人員組訓、資料蒐集、勞資糾紛處理、輔導就業等。
2. 俱樂部之管理、會員及眷屬之聯繫、登輪訪問及有關福利等事項。
二 . 行政組：
1. 文書、庶務、會計、人事安全、統計及其他會務行政工作。
2. 會員奉安祠及其他財產、管理事項等。
分會主任祕書、組長、幹事、助理幹事，由分會理事長提請分會理事會會議議決通過並報請總會備查後聘任之。解聘或資遣時亦同。
編制外約僱人員依本會臨時人員約僱辦法辦理之。
分會理、監事會職權如下：
一 . 理事會：
1. 處理分會會務。
2. 對外代表分會。
3. 召集分會會員代表大會並執行決議案。
4. 採納及採行會員之建議案。
5. 籌集經費及編列預算、決算。
6. 考核分會會務人員工作之勤惰及會務工作狀況。
前項職權於理事會閉會期間經常務理事會決議由理事長代表執行後，向理事會報告或提請追認。
二 . 監事會：
1. 審核分會經費之收支。
2. 稽查工作計劃與進度。
3. 其他有關審查事項。
前項職權於監事會閉會期間由常務監事代表執行後，向監事會報告或提請追認。
各分會須冠以所在地之名稱。
各分會會員不得另行組織同性質之海員社團。
各分會如遇勞資糾紛事件，經調處而無結果足以發生罷工或怠工行為者，應事先呈明本會獲得許可分能行之。
各分會如遇重大事故無正當理由不受本會命令時，本會得依法解散之。