本會概於民初即略具雛型，其後因局勢板蕩、民生維艱，及至第二次世界大戰結束，才正式在上海成立並召開第一屆全國會員代表大會。不三年，復播遷至台灣，並於39年12月5日宣告復會，撤銷原台灣分會之名稱，另改設基隆、高雄兩個分會，重建服務架構，進而清查會籍、改選全國會員代表大會。
在百廢待舉中，本會持續致力經營，並於40年8月正式召開第二屆全國會員代表大會，釐定會務重點與努力方向，健全組織與籌闢財源，整頓旗鼓，為服務海員重新出發。如今已承傳至第28屆，雖人事上屢有新生更迭，但會務上始終與日俱進。
盱衡現況，本會所推動的服務項目與福利措施，可說是目前台灣最完善的自主工會之一。目前會員人數約為14,390多人，外國籍船員服務於國輪或簽訂本會集體協約之外輪者，亦為本會臨時會員。
